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生物信息工具

26-May-2020
Online Biology Research Tools

 

生物信息是GeneTex抗体开发计划的重要核心,我们的研发团队谨慎的查阅生物医学研究媒体上的相关文献,并收集了一系列好用的在线工具,像NCBIEnsemblUniProt这些网站,对所有研究人员都具有高度的研究价值与便利性,我们很乐意提供这些相关网站的清单与链接。

 

BLAST序列比对

blastp: 提供蛋白序列与蛋白质数据库(NCBI)中的序列进行比对。

tblastn: 提供蛋白序列与翻译的核苷酸数据库(NCBI)中的序列进行比对。

blastn: 提供核苷酸序列与核苷酸数据库(NCBI)中的序列进行比对。

blastx: 提供核苷酸序列与蛋白质数据库(NCBI)中的蛋白序列进行序列。

SMARTBLAST: 提供核苷酸序列与蛋白质数据库(NCBI)中的蛋白序列进行序列。

Sequence Analysis序列分析

ScanProsite: 识别蛋白质家族,结构域,功能位点和修饰。

Compute pI/Mw: 计算蛋白质序列与理论等电点和分子量(ExPASy)。

Three-/ one-letter code: 将三个核酸字母代码转换为一个胺基酸字母代码,亦可反转。

EMBOSS Transeq: 依据各种翻译的可能性,将DNA或RNA翻译成相应的肽序列(EMBL-EBI)。

EMBOSS Backtranseq: 读取蛋白质序列并转换成最有可能的核酸序列(EMBL-EBI)。

Alignment两条或多条序列比对

COBALT: 用于2个以上的多个蛋白序列比对(NCBI)。

Clustal Omega: 用于3个以上的蛋白质、核酸多序列比对(EMBL-EBI)。

MUSCLE: 用于蛋白质、DNA的多序列比对(EMBL-EBI)。

Expression Pattern表达图谱

The Human Protein Atlas: 显示人类基因及蛋白的表达图谱及主要存在的器官,组织和细胞系。

Expression Atlas: 跨物种和生物条件的基因表达。

LifeMap Discovery: 与胚胎和分化的细胞和组织有关的信息/工具。

Primer Design引物设计

Primer3: 从DNA序列中依据片段大小,Tm和GC%值选择适当引物。

Primer-BLAST: 检查引物对的特异性。

Primer analysis: 在碱性或特殊盐条件下分析引物序列的Tm值,长度,GC%和MW。

3D Structure Modeling蛋白三维结构

SWISS-MODEL: 显示人类基因及蛋白的表达图谱及主要存在的器官,组织和细胞系。

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